クォークの計画に従ってネファリウスのアジトに潜入することになったラチェットとクランク。
アジトを見つけてネファリウスを倒す手がかりは掴めるのか！？
アジト発見まではスキッドとともに行動する。彼の助けがなければハッカーで橋を架けることができない。
くれぐれもスキッドを置いていく、なんてことがないように。
アジト潜入後はラチェットとクランクが別行動を開始する。それぞれ攻略の仕方が違う。
後でこれらのアクションをまた使うことになるので、ここでしっかり学んでおこう。
別行動が終了したら地下道へ。ここは自由任務だが、ボルトと経験値が欲しければ挑むといいだろう。
ショップに武器ガラメカ：スナイパーライフル（７５０００ボルト）が入荷
エレベーターで降りた先でイベント、スキッドと合流
襲いかかるアメーバや警備ロボを倒しながら進もう。最初の扉を開いた先にジャックポット箱あり。
スキッドを護衛する必要はない（攻撃を一切受けないため）が、橋周辺の敵を全滅させないとハッカーで橋を架けてくれないので注意。
途中で水中に潜る（計２回。操作に関してはアルが説明してくれる）
Ｒ１を押しっぱなしで速く泳げる。
水中から出るとアメーバ軍団＋キングアメーバ（２回出てくる）
エレベーターで先へ、到着するとイベント
ひみつショップＸに行けるようになる（ひみつショップＸの場所がコンティニューポイント）
イベント終了時点でひみつショップＸにて武器ガラメカ：マグマイザー（４００００ボルト）、ホーダイングラブ（２５０００ボルト）が購入可能になる
奥のサブマリンからアジトへ
イベント後、クランクルートに切り替わる（コンティニューポイント）
クランク自身はパンチしか攻撃手段を持たない。今回は倒せる敵がいないので、とにかく避けて進むことになる。
レーザーに当たるか、警備ロボに見つかって撃たれるともれなく即死だ。気を付けよう。
さて、早速警備ロボのサーチライトを避けつつスイッチを踏まなければならない。スイッチを踏むと奥のバリヤーが解除される。
ただし解除には時間制限があるので、モタモタしていると間に合わない。レーザーをかいくぐり急いで抜けよう。
バリヤーを抜けるとイベント
バナコンをゲット、スクランチと合流
バナコンの使い方はクォークの説明などで分かるだろう。Ｌ１押しっぱなしで正確に狙えるぞ。○でバナナ発射。
遠くにあって押せないスイッチなどはスクランチの手を借りよう。その先は通信を聞いていれば進めるはずだ。
降ろされた橋の前でラチェットに交代（コンティニューポイント）
ティログラマーでティラノイドに変身した状態で進むことになる。元に戻ると防衛装置が働いて即死してしまう。□ボタンは押さないように。
ティラノイドとの会話はリズムゲー。タイミングよくボタンを押したり、長押ししたりしよう。多少のズレは失敗にならない。
失敗しても入力し直しになるだけで死んだりはしない。慌てず入力しよう。
橋を上げるとクランクに交代（コンティニューポイント）
レーザーをジャンプで避けつつ先へ。スクランチは不死身なので放っておいて構わない。
その先のバリヤーはスイッチを押している間しか解除されない。スクランチをうまく使おう。
自分が向こう側に行ったら、スクランチをこちらに来させるのも忘れずに。
右奥の行き止まりにガジェボッド４体がいる。近づくとガジェボッドが起動するので連れて行こう。
先に進む通路をふさいでいるプロペラはガジェボッドに「たたかえ！」と命令することで破壊できる。
クランクがプロペラに当たると即死するので注意。
その先は再びスクランチの出番だ。彼に走り回ってもらおう。
最後はスイッチに乗っている間上昇するエレベーターがある。
ガジェボッドと一緒にエレベーターに乗った後、スクランチをスイッチに乗せればＯＫ。スクランチをエレベーターの先に連れて行く必要はない。
ガジェボッド４体をボットポーターに入れればバリヤー解除、先に進むとクランクルート終了
ラチェットに交代（コンティニューポイント）
レーザーに当たっても元の姿に戻らないがダメージは受けてしまう。ジャンプなどで避けよう。
ここのバリヤー解除スイッチも時間制限あり。レーザーに手こずっていると間に合わない。
その先は再びティラノイドとの会話だ。ここまで来れば特に問題はないだろう。
橋の先のバリヤーを解除して奥の部屋に入るとクランクと合流、その後地下道へ
下水に流されて着いた先でイベント
地下道には全部で９９個のチカクリスタルがある。そのうち下の下水管エリアが３つ、上の下水管エリアが同じく３つあり、ショップがいくつか点在する。
チカクリスタルは１個２０００ボルト也。
中途半端な装備だと弾切れを起こしやすいのでショップへの道を早めに確保しておくとよい。
上の下水管エリアに行くにはグラビディブーツが必要（無くても行く方法はあるにはあるのだが）。
また、上の下水管エリア、および取っていないチカクリスタルの位置はは通常のマップでは表示されない。あるアイテムが必要だ。
９９個集めきるのは一苦労だが、完全クリアのためには必須である。キッチリ集めよう。
また、チカクリスタルは全部で１０１個だが、地下道以外の２個はアジト潜入への道で取っている。
デカケツ付近のサブマリンからシップ前に戻る
着いたらスイッチを押してバリヤーを解除。これですぐに地下道に行けるようになる。
というよりここからじゃないと地下道には行けない。
