プロトコルとは通信手続きのこと。ここではデジタル制御規格のことであり、マルチプロトコルとは複数のデジタル信号を受信して動作することのできるデコーダ、またはその機能のことを指す。
一般的にはMM（メルクリン･モトローラ）方式とDCC方式のどちらでも使えるデコーダが多いが、欧州ではSelectrix方式も有力なため、これも加えて３種類のデジタル制御方式で稼動するデコーダもある。

マルチプロトコル機能付デコーダを搭載した車両は、どの方式でデジタル化してあるレイアウトでも走行できることから、メルクリンの３線式とDC２線式（TRIX方式とかフライシュマン方式とも呼ぶ）を共用したいユーザーが多い欧州で重宝されている。